私校法第九條未修訂前，台灣之神學院均在內政部的體制監督下辦理教義研修及推行設校，立法院於二○○四年四月七日完成私校法第九條之修訂，使培養神職人員之神學院得向教育部申請許可設立宗教研修學院並授予學位。有了法源依據，教育部於二○○四年八月九日舉行公廳會說明設校標準，使神學院籌設學校及申請立案有標準可循。

教會人士對於神學院於教育部立案起初有所疑慮一為擔心立案後的神學院會變了質與一般大學所設之宗教研究所一樣報考資格沒有限制任何有意研讀的學生均可報考二為擔心課程內容沒有自主性董事會責成院長組成小組前往教育部拜訪高教司司長司長依據大學法及施行細則答覆本校可單獨招生並依宗旨招收蒙召的基督徒並依使命規劃設計課程。消除這二疑慮之後本校始進行立案的籌設與申請手續。

  立案對於福音在台灣之傳揚、全球宣教及本校未來之發展有極大的影響董事會故於二○○五年九月九日決議捐贈2.41公頃之土地與建物籌募立案基金與發展經費恭推周聯華牧師為籌備會主席並以「基督教台灣浸會神學院」的校名申請教育部立案。

董事會決議立案後院長率領教師及行政團隊分赴各第區分享立案異象鼓勵教會把握契機支持神學院立案的聖工弟兄姊妹熱烈回應於二○○六年年底完成五千萬立案基金的籌募。

 二○○七年七月六日正式向教育部提出籌設計劃書經過多次審查會議與會勘之後二○○八年十二月十五日教育部准予籌設並於二○○九年元月八日核准  本校設立基督教神學研究所招收道學組〈M.Diw〉與基督教研究組〈M.C.S〉的學生。

  二○○九年四月二十日教育部同意設立學校財團法人中華浸信會台北地方法院於二○○九年六月十六日核發法人證書並於二○○九年七月十七日完成土地、建物及基金過戶。原計劃儘速完成立案並於二○○九學年度在教育部體制下招生但因過去在內政部體制下的學經歷不被教育所承認沒有合格的校長人選故只好等候立法院通過「教育人員任用條例」之修訂。經一年之等候此條例尚未通過修訂但迫於准予籌設之後必須於三年內完成立案之規定董事會於二○一○年四月份之會議中決議權宜作法以徐德修教授之名申請立案並由蔡瑞益牧師擔任副校長治理學校向教育部申請立案。

  二○一○年六月九日接獲教育部核准立案登記並於二○一○年六月十四日核准招生辦法。二○一○年七月十日截止報名七月二十一日至二十二日辦理招生。

 立案後本校將走上新的里程碑但仍執著過去辦學的方向雖然在教育部體制下辦學對本校而言是新的經驗但若能全然靠主謹慎自守儆醒禱告必能完成主的托付。